水稻纹枯病不能通过种子传播。病菌主要以菌核在土壤中越冬，也能以菌丝体在病残体上或在田间杂草等其它寄主上越冬。翌春春灌时菌核飘浮于水面与其它杂物混在一起，插秧后菌核粘附于稻株近水面的叶鞘上，条件适宜生出菌丝侵入叶鞘组织为害，气生菌丝又侵染邻近植株。水稻拔节期病情开始激增，病害向横向、纵向扩展，抽穗前以叶鞘为害为主，抽穗后向叶片、穗颈部扩展。早期落入水中菌核也可引发稻株再侵染。早稻菌核是晚稻纹枯病的主要侵染源。
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