1、对病田实行5年以上水旱轮作或改种非十字花科作物如：番茄、辣椒、茄子、南瓜、西葫芦、苦瓜、黄瓜、玉米、葱、蒜、韮菜、小麦、玉米等。
2 、改良土壤，结合整地在酸性土壤中每亩施生石灰100-150公斤，中和土壤酸性、增加钙含量，并结合深耕，多施有机肥，可有效减轻病害。另据浙大土化系试验，每亩田施15-25公斤的石灰氮肥混入表层土壤，再间隔7-10天移栽（不间隔易引起药害），能有效地防治和减轻植株根肿病的发生。
3、加强栽培管理，坚持深沟高箱，及时排除田间积水。
化学防治措施：
1、种子消毒处理：播种前用55℃的温水浸种15分钟，凉干种子后用种子量0.3%-0.4%的50%扑海因可湿性粉剂，或50%多菌灵，或50%福美双，或75%百菌清1000倍液进行土壤消毒，每塘浇施0.2-0.3千克，即可播种。
2、每亩用70%的敌克松3千克对细土30千克或50%甲基托布津可湿性粉剂 3千克对细土30千克，或40%地菌粉剂2千克对细土30千克拌匀后撒施于塘中再栽苗，或每塘撒施根宝丰20-30克与土壤充分拌匀后再播种（栽苗）。
3、农药灌根：一般田块预防性防治在夏秋十字花科作物定植活棵后，用70%敌克松800－1000倍液或50%多菌灵或75%百菌清1000倍液灌根一次，每株0.2-0.3千克，防效可达70─80%。在十字花科作物发病初期用15%石灰乳液，每株0.5克浇灌，可减轻病害