微孢子虫属原生动物，具有一条极丝和一团孢子原生质。孢子被昆虫吞食进入肠道，通过外翻极丝而引起感染。可侵染昆虫消化道和马氏管，有的侵染脂肪组织、血细胞或肌肉，或侵染生殖组织甚至全体组织，引起活力丧失、行为变化、交配减少和卵率降低。
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