黄鳝的鳃严重退化，纽丝很短，鳃耙仅剩下一点点痕迹，在水中不能单靠鳃呼吸，必须借助辅助器官进行呼吸。
刚孵化出的稚绪具有脚鳍和鳍褶，胸鳍和鳍褚上有许多毛细血管，稚鳍的卯黄囊上布有较大面积的血管网膜，这些毛细血管和血管网膜便是稚绪的主要呼吸器官。稚鳝的胸鳍和鳍褶不停地扇动，在水体中进行气体交换，完成呼吸活动。
随着个体的长大，稚鳝的卵黄囊逐渐被机体吸收掉，脚鳍和鳍褶也逐渐退化消失，稚鳝发育成幼绪。幼鳝和成鳝主要依靠口腔、咽腔和皮肤进行呼吸。黄鳍的口咽腔的皱褶上皮上和肠道内壁表皮粘膜上布满了大量的毛细血管，可以进行气体交换。黄鳝呼吸时，在浅水中竖直身体前部，将吻端伸出水面，俗称“打桩”，通过口咽腔直接呼吸空气。
黄鳝的这种特殊呼吸方式使得其咽喉部显得特别膨大。小由于黄鳝能利用口咽腔和皮肤进行呼吸，离开水后，只要保持体表皮肤湿润，黄鳍能长时间存活，这对黄鳝的浅水高密度养殖和长途运翰是十分有利的，黄鳝的这种特呼吸功能也暗示了一个道理，在水体中，如果黄鳝的头部无法伸出水面呼吸空气，即使水体溶氧再丰富，黄鳝也有发生窒息死亡的可能。这就要求黄鳝人工养殖条件下，养殖水体的深度要适宜，过深势必会影响黄绪出水呼吸.
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