1.种子消毒 因种子能够带菌，所以种子应当消毒。种子消毒用50％多菌灵可湿性粉剂500倍液，浸泡种子1小时，或用40％甲醛150倍浸种1～1.5小时，用水漂洗干净，或者用 55°C温水浸种15～30分钟，晾干后播种或催芽播种。
2.轮作及栽培防病 育苗选用无病土或对床土进行消毒（方法参见“猝倒病”），以减少初侵染原。往年黄瓜炭疽病发生严重的地块，要实行3年以上轮作。多施充分腐熟的优质有机肥料，增施磷钾肥和叶面肥，温室大棚栽培黄瓜还要进行二氧化碳施肥，防止植株早衰，以提高植株抗病能力；栽培方式应采用高畦栽培和地膜覆盖，减少病菌传播机会；及时摘除枯黄病叶和底叶，带出田外或温室大棚外集中处理；适当控制浇水，露地黄瓜应及时中耕，搞好雨后排水，减少田间相对湿度。温室大棚要尽可能增加光照、加强通风，减少叶面结露。