一、行业发展相对单一。合作社从事的行业大多数还只停留在蔬菜、瓜果种植、种苗培育、肉牛羊、生猪饲养及初级产品包装、销售的层面上。技术含量高、品牌效应大、商品附加值高的较少，组织化程度以及合作层次较低，农民专业合作社结构不能适应抵御市场风险的要求。
二、合作社人才匮乏。目前，合作社发展中懂技术、善经营、会管理、爱奉献的优秀带头人很少，在财务管理上缺乏合格的财会人员，在凭证的取得、记账、报表编制等会计业务上，难以做到规范。人才匮乏已成为制约农民专业合作社当前和长远发展的根本因素。
三、专业合作社经济实力弱，难以实现可持续发展。一些规定的项目支持、资金支持、金融支持（政策性）、税收优惠大部分难以落实到位。合作社成立后发展困难，尤其贷款难,虽然有关政策规定对农民合作组织贷款给予倾斜，但实际操作中很难，从事种植业、养殖业的农户大多没有多少积蓄，只能望尘莫及，或无法生产或无法扩大生产。
四、品牌意识和知识产权意识不强，缺乏市场竞争力。
一、行业发展相对单一。东平是个农业大县，合作社从事的行业大多数还只停留在蔬菜、瓜果种植、种苗培育、肉牛羊、生猪饲养及初级产品包装、销售的层面上。技术含量高、品牌效应大、商品附加值高的较少，组织化程度以及合作层次较低，农民专业合作社结构不能适应抵御市场风险的要求。
二、合作社人才匮乏。目前，合作社发展中懂技术、善经营、会管理、爱奉献的优秀带头人很少，在财务管理上缺乏合格的财会人员，在凭证的取得、记账、报表编制等会计业务上，难以做到规范。人才匮乏已成为制约农民专业合作社当前和长远发展的根本因素。
三、专业合作社经济实力弱，难以实现可持续发展。一些规定的项目支持、资金支持、金融支持（政策性）、税收优惠大部分难以落实到位。合作社成立后发展困难，尤其贷款难,虽然有关政策规定对农民合作组织贷款给予倾斜，但实际操作中很难，从事种植业、养殖业的农户大多没有多少积蓄，只能望尘莫及，或无法生产或无法扩大生产。
四、品牌意识和知识产权意识不强，缺乏市场竞争力。
除了上述问题以外还存在以下问题:管理不规范,自主空间很大,甚至出现了非法融资的现象,负责人跑路现象,继而出现坑农和社会不稳定现象;二是监管不力,缺乏真正的监管部门和监管方法;真正从事种植养殖等农业企业的寥寥无几,建议立即取缔.
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