使用福尔马林、硫酸亚铁、氯化苦等处理苗床土壤，都没有明显的防治效果，采取降低苗木土壤温度的措施，则能取得较好的效果。另外，施用有机肥料促进苗木生长、增强抗病力，防病的效果则比较好。因此在防治时，应抓住以下几点。
一是多使用有机肥料。一般有机肥料作基肥和追肥均可，不仅能促进银杏苗木的生长，使苗木健壮、增强抗病力，而且还可影响土壤中颉抗性微生物群体的变化，抑制病菌的生长蔓延。整地时施用适量的厩肥、腐熟的马粪、棉籽饼或豆饼等，可以降低发病率达50%。
二是遮阴，降低地温。在苗床上架设遮阴棚，降低苗床土温，苗木发病率仅为未遮阴苗木的2.5%至10%。但遮阴后苗木生长较差，落叶较早，顶芽发育不健全。因此，遮阴时间不宜过长，从梅雨期过后开始至9月上旬，晴天每天从上午10时至下午4时遮阴即可。
发病季节用稻草覆盖苗床，降低土壤温度，防病效果稍差，但苗木生长好。用高秆苗木与银杏间作，也是一个防治途径。将女贞一年生苗移植在银苗苗床的行间（或栽种玉米），降低土温，发病率可降低85%左右，但银杏苗木生长也受到一定影响。在水源条件较好的地区，高温干旱实行灌水抗旱，降低地温或减少发病。
三是药剂防治。化学药剂可选用400克/升氟哇唑乳油（又名贵星）8000至10000倍液，或62.25%代森锰锌？腈菌唑可湿性粉剂（又名星洁）600倍液，或10%多抗霉素B可湿性粉剂（又名宝抗）800倍液均匀喷洒在幼苗或成龄银杏树叶片上，有较好的防治效果
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