无公害水产品是按照相应生产技术标准生产的、符合通用卫生标准并经有关部门认定的安全食品。严格来讲，无公害是食品的一种基本要求，普通食品都应达到这一要求。
有机水产品是指以有机方式生产加工的、符合有关标准并通过专门认证机构认证的水产品。有机水产品与无公害食品的区别主要有三个方面：
第一，有机水产品在生产加工过程中绝对禁止使用农药、化肥、激素等人工合成物质，并且不允许使用基因工程技术；其它食品则允许有限使用这些物质，并且不禁止使用基因工程技术。如绿色食品对基因工程技术和辐射技术的使用就未作规定。
第二，有机水产品在土地生产转型方面有严格规定。考虑到某些物质在环境中会残留相当一段时间，土地从生产其他食品到生产有机食品需要两到三年的转换期，而生产绿色食品和无公害水产品则没有转换期的要求。
第三，有机水产品在数量上进行严格控制，要求定地块、定产量，生产其他食品没有如此严格的要求。
总之，生产有机水产品比生产其他食品难度要大，需要建立全新的生产体系和监控体系，采用相应的病虫防治、种苗培育、产品加工和储存等替代技术
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