百合病毒病是由多种病毒侵染造成的，病原有乳黄瓜花叶病毒、烟草花叶病毒、从簇病毒等，主要是通过蚜虫和操作造成的伤口传播。常见症状有叶片浅绿色或浅黄色、带有斑驳的花叶条纹、坏死、幼叶反卷扭曲、全株矮化、畸形、簇生。东方百合杂种系受害严重。
防治方法：选用健康的鳞茎繁殖，采用脱毒培养的种苗；及时拔除病株并销毁，防止扩大传染，加强肥水管理；特别要重视蚜虫的防治，可在田畦覆盖银灰色反光聚乙烯薄膜进行驱避，减少蚜虫数量；发病初期开始，可喷20％毒克星500至600倍液，或0.5％抗毒剂1号剂300至500倍液，每7至10天喷一次，连续喷3次。