通过厌氧消化可以把秸秆转化成沼气。厌氧消化本身并不是什么新技术，它已被广泛地用于多种有机废弃物的厌氧消化。常用的厌氧消化原料是人畜粪便、生活垃圾、活性污泥等易降解有机物。作物秸秆常作为厌氧消化的“配料”使用，一般都不以作物秸秆为“主原料”进行厌氧消化生产沼气。主要原因是作物秸秆的木质纤维素含量高，不易被厌氧菌消化，并且由于木质素在植物细胞壁中常与纤维素、半纤维素、碳水化合物等成分“包裹”在一起，还会进一步阻碍厌氧菌对半纤维素和纤维素的作用，导致物料的整体消化效率不高、产气量低，投入产出效益差；此外，缺乏适合作物秸秆物料特性并能高效运行的厌氧消化反应器也是一个重要原因。
农作物秸秆通常是由木质素、纤维素、半纤维素、果胶和蜡质等化合物组成其产气特点是分解速度较慢，产气周期较长。使用这种原料在入池前需进行预处理?以提高产气效果。首先将秸杆铡成3厘米长左右。将秸秆铡短或粉碎到3厘米以下，玉米秸秆用揉搓机粉碎，稻草和麦秸用铡草机粉碎，每立方米沼气池需秸秆50公斤以上。按每100公斤秸秆加100公斤水的比例混合均匀，润湿15-24小时。翻动秸秆，使秸秆于水混合均匀，最终使秸秆含水率达到65-70%
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