葡萄根瘤蚜主要危害根部，也可危害叶片。欧洲系葡萄只有根部被害，而美洲系葡萄和野生葡萄的根和叶都可被害。须根被害后肿胀，形成菱角形或鸟头状根瘤，虫子多在凹陷的一侧(不在根瘤内部而在外部)。侧根和大根被害后形成关节形的肿瘤，虫子多在肿瘤缝隙处。
由于根部养分被刺吸和受害，根系吸收、输送水分和养分功能削弱，并且刺吸后的伤口，造成根系微生物的繁衍和侵入，导致被害根系腐烂、死亡，从而严重破坏根系对水分和养分的吸收、运输，造成树势衰弱，影响发芽、花芽形成、开花结果，严重时可造成植株死亡。叶片被害后，在叶背面形成虫瘿(开口在叶片正面)，阻碍叶片正常生长和光合作用。葡萄根瘤蚜危害根，造成根系的腐烂和死亡，是其毁灭性危害的原因。