棉花立枯病属于棉花苗期病害,随着棉花生长,成株期棉花对该病的抗性也增强。低温高湿利于棉花立枯病的发生与危害,播种后的棉籽受到病菌侵染,使棉籽呈黄褐色腐烂状,棉籽不发芽,或即使发芽也不能出土,胚根顶部往往先呈黄褐色腐烂状。棉苗出土后7-15天处于易感病时期,易遭受病原菌的危害,症状表现为幼苗根部和幼茎基部初现黄褐色斑点,后呈长条状或略带纺锤形病斑,多呈现黄褐色凹陷,严重时病斑扩大至幼茎基部四周,缢缩引起倒伏枯死,拔起病苗,茎基部以下的皮层均遗留土壤中,仅存坚韧的鼠尾状木质部。在病苗、死苗的茎基部及周围、土面常见到白色稀疏菌丝体。立枯病有时也会造成棉花叶部产生棕色的小圆形病斑及铃腐。
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