转基因育种有转入外源基因，通常采用基因枪法注入、农杆菌介导；常规育种包括自然选育和诱变育种，不包含外源基因，这也是食品安全关注的焦点之一。
首先，转基因技术可以打破物种的界限，实现传统育种技术不能做到的物种间的基因转移，理论上可实现任何物种间的基因交流。其次，转基因技术实现了对具体基因进行精确操作。传统育种技术通常是在基因组水平上对目标物种进行选择的，对于目标物种后代性状的预见性相对较差；而转基因技术则是针对功能明确的基因进行操作和转移，可以准确地预知转基因后代的性状。就是由于转基因技术与常规育种技术间存在的这两个明显的不同，使科学家通过转基因技术可以更加快速、高效地改变目标物种的性状特征，从而极大地加快了育种的速度、提高了育种的效率
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