小麦腥黑穗病有网腥黑穗病和光腥黑穗病两种,其症状无区别。病株一般比健株稍矮,分蘖多,病穗较短,颜色较健穗深,发病初为灰绿色,后变为灰白色,颖壳略向外张开,部分病粒露出。小麦受害后,一般全穗麦粒均变成病粒。病粒较健粒短肥,初为暗绿色,后变为灰白色,表面包有一层灰褐色薄膜,内充满黑粉。
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