小麦腥黑穗病在麦收后病菌附着在种子外表或混入粪肥、土壤中越夏。秋季小麦播种后发芽时,病菌侵入幼苗,第二年春季再向上侵入幼穗,破坏小麦穗部的正常生长,抽穗后形成病原菌的厚垣孢子呈黑粉状。小麦收获脱粒时,病粒破裂,黑粉状的病菌分散粘附在种子外表或混入粪肥土壤越夏,越夏后秋季侵入小麦幼苗。
从芽鞘侵入麦苗并到达生长点,后以菌丝体形态随小麦而发育,到孕穗期,侵入子房,破坏花器,抽穗时在麦粒内形成菌瘿即病原菌的厚垣孢子。
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