鱼卵启运前应先排除死卵，计数装箱。用层式运卵箱时可把鱼卵均匀地放入盛卵盘中，或把卵包在湿纱布中放在卵盘中。最上层放些碎冰块，捆扎后即可运输。盒式运输箱是将鱼卵分别放在直径为3毫米的多孔聚乙烯袋中，每袋可装1万粒卵。然后摆放于箱中，袋之间和箱四角用碎海绵填塞，箱四角再放入4袋碎冰块，用胶带封上箱边及缝隙，捆扎后启运。鱼卵在运输时应避免剧烈的震动和碰撞。运输时最适温度2～4℃。通常在箱内温度低于14℃下即可进行长途运输。如运输时间过长应注意冰块是否融化，可及时补充冰块，以保证箱内适宜温度。当运至目的地后将鱼卵移入孵化器中，此时孵化器的水温同运卵箱内的温差不宜过大，否则会因温度的骤变导致鱼卵死亡。