马流感开始可表现为畏寒、发热,初期体温升高在39°C以内,继发感染时体温可高达40℃以上,稽留热十五天后,体温有时会降至常温,发病过程中,病马出现精神沉郁、食欲减退、软弱无力、呼吸和脉搏加快。部分病马出现咳嗽,初期为干咳,声音洪亮,并表现洪亮,后期为湿咳,咳声低而长,鼻腔黏膜潮红,鼻液呈水样或蛋清样,后变为粘稠鼻液。有时可见眼结膜潮红,流泪,有的可见眼睑肿胀。
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