茎腐病是银杏苗期的重要病害，以当年生苗木发病为重。发病初期，银杏幼苗茎基部近土表处出现皮层褐色腐烂，顶梢及叶片变色枯萎。当病斑包围茎基并向上扩展蔓延时，引起全株枯死，叶片下垂不落。后期病皮易剥离，在皮层的木质部表面布满黑色小菌核，此即病原菌。严重发病的银杏苗，根系皮层全部腐烂；发病轻的 1--2年生苗木，有的地上部枯萎，但根系仍完好。3～4年生的银杏苗较少感病。病菌主要在土壤中繁殖、蔓延。银杏茎腐病受气候影响较大，夏季当苗木茎基部受高温的灼伤，土壤中的病菌即从伤口侵入而发病。高温高湿有利于病菌扩展、蔓延。防治方法。发病季节遮荫幼苗，降低土壤温度；用有机肥料作基肥，注意追肥，促进苗木生长，增强抗病力；发病期可喷1：1：160倍波尔多液或50％退菌特500倍液。
发病初期幼苗基部变褐，叶片失去正常绿色，并稍向下垂，但不脱落。感病部位迅速向上扩展，以至全株枯死。病苗基部皮层出现皱缩，皮内组织腐烂呈海绵状或粉末状，色灰白，并夹有许多细小黑色的菌核。此病病菌也能侵入幼苗木质部，因而褐色中空的髓部有时也见小菌核产生。此后病菌逐渐扩展至根，使根皮皮层腐烂。如用手拔病苗，只能拔出木质部，根部皮层则留于土壤之中。银杏扦插苗在高温或低温的条件下，茎腐病也能发生，可使插穗表皮呈筒状套在木质部上，韧皮部薄摆组织则全部发黑腐烂。
防治方法苗木茎腐病的防治可以采取两个方面的措施：其一是夏秋之间降低苗床土壤表层的温度，防止灼伤苗木茎基部，以免造成伤口导致病菌侵入；其二是增施有机肥料，促进幼苗生长，增强抗病能力。
在苗床上架设荫棚，可使8月中旬晴天14：00时的苗床土温比对照降低6.5℃，银杏苗木发病率仅为对照的2．5%—10%。但遮荫的苗木生长较差，除高生长和直径生长较低外，落叶较早，顶芽发育不健全。因此，遮荫时间不宜过长，如南京地区，可从梅雨期结束后开始，到9月上旬，晴天自上午10：00时至下午16：00时遮荫即可(方中达等，1956)。
发病季节在苗木行间用稻草覆盖苗床，可以降低土温，并防止土壤水分蒸发。银杏苗木的发病率比对照低70%，虽然防病效果较遮荫稍差一点，但苗木生长比对照还好，且成本也较遮荫为低。
用其他抗病植物与银杏苗问作也可以成为一个防治途径。但要使间作植物既有庇荫作用，达到降低土温的要求，又不影响银杏苗木的生长，才能达到较好的防治效果。
用有机肥料作基肥或行追肥可促进苗木生长，增强抗病力，同时可能影响土壤中领顽微生物群体的变化，抑制病菌的生长和蔓延。若用厩肥作基肥，则可明显降低银杏苗的发病率。
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