(1)去杂去劣为了保证制种质量，获得纯、优的杂交种子，在亲本繁殖区严格去杂的基础上，对制种区的亲本也要分期地严格进行去杂去劣。尤其是当父本种子下一年要连用时，更应从严要求以保证杂交种质量。
去杂去劣的时间，除在苗期结合定苗进行外，还应在抽穗开花前、收获后分别进行，必须把杂株在开花前拔除干净，以防杂株花粉的干扰。
(2)及时彻底去雄和人工辅助授粉母本去雄是整个制种工作的中心环节，是获得高质量杂交种子的关键。去雄的要求是及时、彻底、干净。及时，就是指雄花未散粉前即去除；彻底，是指全隔离区所有母本的雄穗（花）一个不漏地全部去除；干净，是要将母本的整个雄穗或所有雄蕊拔除，不得残留。目前，除高梁、水稻和部分玉米、油菜可以利用雄性不育特性简化去雄手续外，玉米、棉花等作物多数还是利用人工去雄的方法制种。如果去雄不及时、彻底、干净，就很难保证杂交种子质量。
去雄工作应有专人负责，按不同作物的开花习性，掌握好去雄时间，保证去雄质量。去雄后的母本除刮风、昆虫等传粉外。为了提高结实率，增加产种量，必须进行若干次人工辅助授粉，也可采用一些特殊的措施，如对玉米剪苞叶、花丝，对水稻割苞叶、赶粉、喷赤霉素等来提高结实率。目前，玉米制种时，全田授粉结束后，常把父本行砍掉，用做青饲，以防止父本自交系流失。第二年制种时，用繁殖田做父本，种子质量也好。
(3)分收分藏成熟后要及时将父母本和杂交种分别收获、运输、晾晒、脱粒，严格防止与其他种子混杂。玉米制种区应先收母本，后收父本。水稻制种田应先收父本，后收母本。脱粒前应淘汰杂穗、杂株。从收获、晾晒、脱粒到装袋一定要及时注上标记。装袋入库时，种子袋里外都应放有标签，注明种子名称、收获年份、制种单位。登记入库后，要专人保管，定期检查。