1．农业防治：施足基肥，增施有机肥，创造良好的棉株生长环境，提高抗病力。及时中耕，改善田间通风透光条件，降低田间湿度。对发病重的田块，最好实行与禾本科作物轮作，尤其是与水稻轮作，可减轻发病。清除并翻埋病枝病?叶，及时治虫防病。
2．药剂防治：精选种子，用硫酸脱绒。以55－60℃温水浸种30分钟，沥去多余水分后再用杀菌剂拌种。药剂可选用50%多菌灵可湿性粉剂、50%五多合剂、50%福美双可湿性粉剂，或15%三唑酮可湿性粉剂，以种重的0.5%拌种。发现病株，及时用70%代森锰锌可湿性粉剂500倍液、50%多菌灵可湿性粉剂1000倍液或70%甲基托布津1 000倍液喷雾防治。每隔7－10天1次，视病情防治1－2次。
(1)种子处理方法参见棉花黑根腐病。
(2)加强栽培管理，实行合理轮作，精耕细作，育苗移栽，合理施肥，促棉株健壮，提高抗病力。
(3)治虫防病。防治该病结合治蚜，预测该病在雨后1～2天将会流行，且蚜虫数量大时，喷洒1：1：200倍式波尔多液或70%代森锰锌可湿性粉剂500倍液、50%苯菌灵可湿性粉剂1500倍液，并在上述药液中加入50%乐果乳油或80%敌敌畏乳油1000倍液，兼治棉蚜。
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