1. 气候条件影响
保护地西瓜受气候因素影响很大，品种之间差异就更明显。特别是大型果，在正常年份下可正常膨大，不会出现厚皮、空洞等异常果的出现，但在非正常年份，比如春季4～5月份低温、光照比较弱，大棚西瓜正处于膨果期。造成一些大型果(特别是单果重在8 以上的西瓜品种)皮厚、空洞等现象的出现。
前期管理差，植株发育不良，果实授粉期、发育期气温偏低，降雨少，土壤湿度小或旱涝不均影响西瓜正常发育。西瓜的花芽分化从苗期就开始了，所以西瓜长的好坏在很大程度上取决育苗期管理的好坏和天气情况：坐果期气候干燥或者是低温多雨、授粉方式不当或花粉涂抹不均匀等因素导致雌花授粉不完全会形成厚皮畸形等：西瓜生育期进入膨大期，干旱、时冷时热、温差大并伴降水，不利于西瓜果实的正常发育。往往也会导致这种现象的发生；西瓜膨大期长势过旺或氮肥使用过量引起植株疯长也易引起西瓜果实空心厚皮。
2. 嫁接砧木影响
用南瓜嫁接的西瓜就容易产生皮厚、空洞现象的出现。特别是生长势强，中大型果的西瓜，用南瓜作砧木更易产生厚皮现象。
3. 坐果节位
坐果节位偏低或偏高，特别是低节位坐果，容易产生畸形果、厚皮果、空心果和着色秕籽果；坐果节位偏高，特别是在第四节位以后坐的果实，容易出现皮厚三棱瓜等。
4. 结果期温度
在高温下，果实的膨大速度明显变快，较容易因营养和水分供应不及时而发生空心。
5. 瓜蔓生长不良
在果实迅速膨大期。如果瓜蔓因缺水、缺肥或遭受病虫危害而发生早衰、生长势弱时，也会因营养不良而使瓜瓤发生空心。
6. 磷肥施用过多
着色秕籽除了低温和坐果节位低以外，还与磷肥的施用有关。磷肥施用过多。产生着色秕籽果的机会多。
7. 使用激素浓度过高
使用坐瓜灵等激素时处理方法不当，导致西瓜皮厚、三棱畸形、空心、着色秕籽。
8. 病虫的危害
病虫的危害，特别是蓟马、蚜虫、螨虫、病毒病的危害严重，导致许多地区栽培西瓜出现畸形、空心和着色秕籽等问题。当然也有地区因为土壤缺素引起西瓜厚皮畸形等的情况，这也属于生理性的病害。这些因素主要是导致植株正常生长受阻而引发营养不良，从而导致上述情况的发生。