TMV能在多种植物上越冬。初侵染源为带病残体和其它寄主植物，另外未充分腐熟的带毒肥料也可引致初侵染。
主要通过汁液传播。病健叶轻微摩擦造成微伤口，病毒即可侵入，不从大伤口和自然孔口侵入。侵入后在薄壁细胞内繁殖，后进入维管束组织传染整株。在22-28℃条件下，染病植株7-14天后开始显症。田间通过病苗与健苗摩擦或农事操作进行再侵染。另外烟田中的蝗虫、烟青虫等咀嚼式口器的昆虫也可传播TMV病毒。TMV发生的适宜温度为25-27℃，高于38-40℃侵入受抑制，高于27℃或低于10℃病症消失。烟草普通花叶病主要发生在苗床期至大田现蕾期。温度和光照很大程度上影响病情扩散和流行速度，高温和强光可缩短潜育期。连作或与茄科作物套种使毒源增多，发病率和发病程度明显增加。不卫生栽培是造成流行的重要原因，在病、健株间往来触摸，施用未腐熟有机肥，培带有病毒的土壤都可加重病毒传染。土壤板结，气候干旱，田间线虫为害较重的地块发病重。