一般发生病害感染时,稻穗上通常会出现一粒或几粒,患病严重的甚至要出现十几粒或几十粒的稻穗发病,患病水稻先从受害的稻穗部病粒开始内外颖先裂开,会有淡黄色块状物体露出,之后会慢慢使受害部位膨胀扩大,继而在颜色上产生变化,由绿色逐渐转变成深绿或者黑绿色,形状呈龟裂,伴有深绿色粉末向外散发。稻曲病不仅毁掉病粒,而且还能消耗整个病穗的营养,致使其他子粒不饱满,随着病粒的增多,空秕率明显上升,千粒重下降,造成稻米品质严重下降,从抽穗后至成熟期均能发生稻曲病,其中孕穗期最易感病。
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