发生该病后可每公顷用40%菌核净可湿性粉剂1500-2250克兑水450-600公斤喷雾，或每公顷用50%多菌灵可湿性粉剂500-600克兑水450-600公斤喷雾，为了有效地预防大豆菌核病，在播种前选种子时注意清除混在种子中的菌核，在发病地块上将大豆植株烧毁，实行深翻，把菌深埋于地下，实行合理的轮作，尽量避免重迎茬。
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