贝母菌核病又叫“黑腐病”，是在土壤中发生的病害，也是侵害平贝母鳞茎最严重的病害，在平贝母产区多有发生。发病初期，田间呈零星无苗块区，病区几乎没苗，甚至杂草也很稀少。感染本病的地下鱗茎最后全部变黑腐烂。条件适宜时，病区随水流方向迅速蔓延扩大，零星病区汇合成片，造成大面积缺苗，甚至全田毁灭。 受害植株地上部早期叶片边缘变紫色或黄色，逐渐全叶片变黄变紫，随后叶缘向下卷曲，下部叶片卷曲严重，顶部叶片、叶卷须及叶尖失水萎蔫，最后大部分叶片枯黄萎缩，茎基部缢缩变细，茎叶枯黄而死。鱗茎受害，染病开始肉质部产生黑斑，病斑下的组织变成灰色，与健康组织界限明显；受害严重时，整个鳞茎变黑，外部皱缩干腐，肉质部组织瓦解，在鱗茎表皮下面，鱗瓣缝隙内，形成大量类似小米粒大的黑色菌核。但子贝一般发病极轻，多数情况下无病变。