剖检可见真胃含有未消化的饲料, 左心室的心内外膜下有出血点, 肺腑出血和水肿, 肾脏充血、肿胀, 比较柔软, 胸腺常发生出血, 大小肠出血。病程较长病例胃内充满未消化的饲草, 胃壁有黏膜脱落和溃疡, 腹膜及肠浆膜下有出血斑点, 肠管内充满大量气体和少量带血的液体, 肠黏膜脱落和溃疡, 心脏肿大, 心包内有混浊积液, 心内外膜有小点出血, 肾脏表面充血, 实质松软如泥, 略加触压即烂, 胆囊肿大1~3倍, 胆汁较黏稠, 小肠壁呈血红色, 有的病例有溃疡。
羊肠毒血症发病多为急性死亡, 病程短, 且临床症状明显, 根据剖检肾脏呈软泥状、胆囊肿大、心包和腹腔积液等症状可做出初步诊断, 确诊需要进行实验室诊断。另外, 羊肠毒血症与出血性肠炎、炭疽、羊快疫、巴氏杆菌病等症状较为相似, 因此要注意鉴别诊断。
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