小麦颖枯病的流行与初染源、气候条件、栽培措施和品种感病性等均有密切关系。
菌源：病残体和种手带菌的有无和多少是影响病害流行的重要因素。据国外报道，在湿润年份，10%的种子带菌即可为病害大流行提供足够的菌源。在此基础上，随着种子带菌率的增高，病害略有加重。在田间，如有1/5000的麦苗受侵染，便可造成小麦颖枯病的大流行。
气候：小麦颖枯病菌喜温暖潮湿环境，高温多两气候有利于病害的发生和蔓延。据甘肃省康乐县观察，小麦灌浆期病叶数，病斑数的增加与前5天降雨次数，降雨时间和早8点钟时的相对湿度成正相关，与日照时数成负相关。暴风雨、阵雨次数多和日照时数长，对病害的发展不利。
生育期：小麦颖枯病菌仅能侵染未成熟的麦穗，随着麦穗成熟度的增高，颖壳等组织内的含糖量减少，病菌感染程度也便逐渐减弱，至蜡熟期就完全不受侵染。
栽培措施：麦田长期连作，田间病残体多，使用带菌种子和未腐熟的有机肥，均使病害初染源增多，病害发生重；土质瘠薄，土壤中缺乏磷，钾和微量元素，则植株抗病力减弱，发病也较重；偏施氮肥过多，引起植株倒伏；春麦晚播，生育期延迟，也会加重发病。土壤含水量对病害的发生程度也有一定的影响。据中国甘肃省观察，在康乐县春麦区，川水地区发病率明显高于高山地区，同一品种在干旱地区比在川水地区的病叶率低17.5-53.4%，病情指数低25.5-43.2%。
品种：小麦品种间对小麦颖枯病的抗病性有一定差异，但目前尚未发现对小麦颖枯病表现高度抵抗的品种。一般来说，含糖量高的品种比含糖量低的品种发病重，春性小麦品种比冬性小麦品种发病重，主要原因可能是春小麦含糖量较高；矮秆、晚熟品种比高秆、早熟品种发病重。据国外报道，小麦品种对小麦颖枯病菌的抵抗性大多是由多基因所控制，在耐病和中度抗病品种中尤其如此。