封闭式工厂化养殖也叫循环水工厂化养殖，
其特点是养殖废水不向外排放，而是进入循环系统再利用。循环过程如下：
（1）养殖废水集中进入回流管道，通过转鼓式筛网过滤机机械粗滤，封闭式循环流水养殖系统示意图（引自《海水鱼类养殖理论与技术》）除去粪便、残饵及较大的悬浮颗粒。
（2）经过沙滤器、活性炭过滤器、沸石过滤器等细滤，去除细小的悬浮颗粒物。
（3）通过蛋白分离器使用泡沫分离技术去除水中的蛋白质等溶解性有机物。
（4）经过生物滤池，利用生物包中的光合细菌、硝化细菌等益生菌分解废水中的氨态氮，从而变成不含杂质的净水。
（5）净水经过臭氧或紫外线发生装置杀菌，再经过增氧设施及热泵调温，最终成为洁净、无菌、富氧的新水，重新进入养殖系统，如此循环不已。系统还配备自动投饵机、自动环境因子测定记录仪器等。