纹枯病病菌主要以菌核在土壤中越冬，也能以菌丝体在病残体上或在田间杂草等其它寄主上越冬。翌春春灌时菌核飘浮于水面与其它杂物混在一起，插秧后菌核粘附于稻株近水面的叶鞘上，条件适宜生出菌丝侵入叶鞘组织为害，气生菌丝又侵染邻近植株。
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