玉米丝黑穗病是发芽期侵入的系统性病害，在北方自然条件下，病田土壤和混有病残组织的粪肥是主要侵染来源。附在种子表面的厚垣孢子虽可传病，但侵染率极低，是远距离传播的侵染源。病残体在田间腐烂，病菌仍存在于土壤中。
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