1．生产用地 一般地说，苗圃的生产用地因苗圃的种类不同而有差异，通常包括母本园区和繁殖园区，有时结合科研项目设置科研试验区等。
母本园区包括砧木母本园和良种母本园或无病毒采穗圃。砧木母本园提供实生果苗种子和无性砧木繁殖材料。为保证这些实生种子和繁殖材料的质量，砧木母本园应选择地势平坦、土质疏松、肥沃深厚、背风向阳、并有良好排灌条件的地段。良种母本园提供优良品种的接穗、插条和无病毒材料等，这类母本园除满足以上条件外，还要求无危险病虫危害。
根据所培育的苗木种类可将繁殖区分为实生苗培育区、自根苗培育区和嫁接苗培育区。为了耕作管理方便，最好结合地形采取长方形划区，一般长度不短于100米，宽度是长度的1／3～1／2。如果苗圃同时繁殖多种果树苗木时，宜将仁果类的苹果、梨等小区与核果类、浆果类(葡萄)的小区分开，以便于病虫防治。本区是苗圃的核心部分，要占总面积的1／2以上，因而规划时要充分考虑，将苗圃地中最好的地段用做苗木繁殖区，以生产优质的苗木。
2．非生产用地 一般非生产用地占苗圃总面积的15％～20％。
(1)道路 圃地道路要结合苗圃划区进行设置。干路为苗圃中心与外部联系的主要通道，宽约6米左右，支路可结合大区划分进行设置，大区分成若干小区，各小区间设支路相连。
(2)排灌系统 结合地形及道路统一规划设置，苗圃的排灌系统应该形成有机的网络，做到旱了能灌，涝了能排，始终能保证苗圃地的正常水分供应。目前，我国常见的是地面渠道引水灌溉，今后本着节约用水的目的，应逐步发展喷灌和滴灌。排水系统则正好与灌水相反，保证雨后能及时排除积水。它一般由各组排水沟组成，排水沟的宽度、深度及具体设置，应根据地形、气候、泻水区位置等因素而定。
(3)房舍建筑 包括办公室、宿舍、食堂、仓库、贮藏室等建筑，一般设在苗圃地的中央，或交通便利的地方，以不占用好地为宜。