茼蒿常见病害有叶枯病、霜霉病、褐斑病等。病害防治应以预防为主，化学防治为辅的综合防治措施。
首先要采用加强田间管理、搞好田园清洁，选用抗病品种等综合措施，然后是选用高效、低毒、低残留农药进行化学防治。
1、叶枯病可用50％扑海因可湿性粉剂1500倍液，或50％多菌灵可湿性粉剂1500倍液喷雾，交替使用。
2、霜霉病可用64％杀毒矾可湿性粉剂，或75％百菌清可湿性粉剂500倍液喷雾。
3、褐斑病可用80％大生可湿性粉剂500倍液，或78％科博可湿性粉剂500倍液喷雾。一般7－10天喷一次，连喷2-3次。