水动物疾病和水产动物敌害总称为水产动物的病害。水产动物的疾病发生主要有两个方面的原因，一是由于各种病原生物，二是各种理化因子和营养因子。水产动物的敌害生物包括直接侵噬水产动物的生物，如水蛇和蚂蟥等，还包括以其他稳中有种方式危害水产动物的生物，如青泥苔，蓝藻类等。由各种病原生物引起的疾病称为寄生性疾病，由各种理化因子和营养因子引起的疾病以及敌害生物称为非寄生性疾病。
病原生物包括有病毒、细菌、真菌、寄生虫。由于这些病原生物引发的疾病分别分为病毒性疾病，细菌性疾病，真菌性疾病，寄生虫病。
导致水产动物疾病的理化因子主要包括运输和操作过程中的机械创伤、水温急剧上升或下降，池水酸碱度过高或过低，溶解氧过低或过饱和，氨氮浓度过高以及有毒工业用水和含农药的农用水流入养殖水体中等。
导致水产动物疾病的营养因子主要包括饲料营养成分不全面，不均衡或腐败变质，如饲料中的蛋白质和碳水化合物不足或过多，脂肪不足或变质，缺少维生素，矿物质，必需的氨基酸等。
由理化因子和营养因子引发的疾病不像病毒性，细菌性，真菌性和寄生虫病那样经常暴发流行，但是也不容忽视。原因主要有两点：第一、理化因子导致的缺氧，中毒等一旦发生，将在短时间内造成较高的死亡率；第二、营养因子导致的疾病通常不引起急性大批死亡，但是通过削弱水产动物机体的免疫机能，能增加水产动物对病原生物的易感性。