分子标记是以DNA多态性为基础,因而具有以下优点:①表现稳定,多态性直接以DNA形式表现,无组织器官、发育时期特异性,不受环境条件、基因互作影响;②数量多,理论上遍及整个基因组;③多态性高,自然界存在许多等位变异,无需专门人为创造特殊遗传材料,这为大量重要性状基因紧密连锁的标记筛选创造了条件;④对目标性状表达无不良影响,与不良性状无必然连锁;⑤部分标记遗传方式为共显性,可鉴别纯合体与杂合体;⑥成本不是太高,一般实验室均可进行。对于特定探针或引物可引进或根据发表的特定序列自行合成。
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