一是对饲料及原料质量的破坏。孢霉菌属于一种腐生微生物，靠分解、消耗饲料养分生长繁殖，还释放热量，使料温升高，其结果是饲料中蛋白质变质，利用率降低，氨基酸含量下降，还会使脂肪、维生素发生变化，这样一来，按照科学组方设计的全价料，势必变成并不全价以至“残价”的料，而饲料在生产、运输、仓储、使用过程中的被氧化及细菌感染，又给霉菌滋生提供了有利条件，导致更多的霉菌毒素产生。此时，饲料及原料的营养浓度已经大打折扣。
二是饲养管理不良情况下的低标准量中毒。如：高温、通风差、拥挤、粪便清理不及时、免疫反应过强、营养失衡、疾病等会导致畜禽对霉菌毒素的抵抗力下降。由于霉菌毒素是小分子化合物，机体对其不产生抗体，因此，管理不良所致的应激，会使即便是低于危害标准的毒素也会引发动物机体中毒。
三是对畜禽消化道黏膜的强腐蚀性，会形成鸭雏口腔溃疡，食道炎，鸡和其他动物的肠粘膜脱落、坏死，从而影响机体对营养物质的消化、吸收。例如：会造成VE和硫胺素吸收不良，从而导致免疫力下降和神经症状，又会使肠道形成对色素吸收障碍，引起喙和爪着色不良。肠道除了是消化器官外又是机体重要的免疫器官之一，其功能是诱导机体对微生物类的抗原发动先天性与获得性免疫反应，肠道同时也吸收霉菌毒素，当霉菌毒素严重破坏了肠道上皮细胞的完整性时，免疫球蛋白的分泌会降低，而免疫球蛋白在肠粘膜的免疫应答中起着至关重要的作用，霉菌毒素的毒性抑制了蛋白质的合成，肠道免疫系统的被破坏会致家禽对传染病的易感性更高了。
四是对肝脏的破坏，造成肝细胞坏死，充血后期形成“橡皮肝” 。肝脏有储备糖原的功能，糖原减少，发生低血糖症，往往饮葡萄糖无效；还会干扰肝脏卵黄前体的合成和运输，进而造成产蛋率下降和产小蛋增多。
五是对肾脏的损伤，可致肾肿、痛风、软骨组织发育不良，畜禽腿病发病率升高。
六是对血管壁的损伤，使畜禽血压升高，加重心脏负担和脏器组织渗透压升高，诱发腹水症。
七是对免疫器官的损伤。除如前所述对肠道免疫系统的破坏外，尤其会造成鸡胸腺、法氏囊的萎缩，T淋巴细胞和白细胞减少，白蛋白和球蛋白含量降低，抗体效价下降，血清抗体浓度降低，引起免疫抑制而使各种病毒病多发。免疫失败常被认为是疫苗质量，接种过程失误，强毒攻击或其他复杂因素影响，而霉菌毒素造成免疫失败，却常被忽视，很多病在正常免疫后发生，以至于对健康畜禽本不具备感染力的病原也会因霉菌毒素中毒而引发条件性病原感染。有人认为，大量用疫苗后抗体仍达不到应有滴度，很可能与霉菌毒素有关。例如：2006年夏季的猪无名高热症，据检测分析，饲料中霉菌毒素含量超标破坏了机体免疫力，从而导致发病。