一、病原物病害
1、马蹄秆枯病：该病俗称"马蹄瘟"，广泛分布于马蹄产区，植株感病后地下茎不结荠或结小荠。初生病斑暗绿色水渍状，不规则形或近圆形，略凹陷，以后病斑呈暗绿至灰褐色，梭形或椭圆形，上生黑褐色小点。小病斑扩展连合成不规则的大病斑后，可造成茎秆枯死倒伏，呈浅黄色稻草状。早晨露水未干或湿度大时，病斑表面可见大量浅灰色霉层。病原分生孢子可进行再侵染危害。此病一般在8月中旬开始发病，发病高峰为9月中、下旬，田间湿度大有利于该病发生。
2、马蹄枯萎病：该病是马蹄主要病害之一，整个生长季节均可发病，尤以9月中旬至10月最严重。其症状有青枯型和枯斑型。⑴青枯型表现为从秆端或一侧失水呈青枯状，并向下扩展，最后整秆枯死，尤其在雨后天晴时，其症状在田间最为明显。病株一般不结荠或结白荠，危害较大。⑵枯斑型一般比青枯病型发病迟，一般在9月下旬以后。表现症状：马蹄秆中上部呈现灰白色枯斑，病健分界十分明显，略凹陷，病斑间可相互连合成大斑。病株发育一般较正常，危害较小。
3、马蹄茎腐病：该病一般在9月份盛发，发病的叶状茎外观症状为枯黄至褐黄色，病茎较短而细，发病部位多数在叶状茎的中下部、病部初呈暗灰色，后为暗色不规则病斑，病健分界不明显，且病部组织变软易折断，湿度大时，病部可产生暗色稀疏霉层。
二、生理性病害
通常表现为生理性红尾，其症状主要是红尾不干苗或只在顶端的一小节茎秆上干枯。该病多发生在8―9月初，产生的原因是多年种植马蹄的土壤缺少硼、锌、铁、锰等微量元素。
三、虫害的识别
白禾螟（又称白螟）：是危害马蹄的主要害虫，幼虫咬食茎秆基部，被害初期，马蹄茎秆顶端由绿转黄，茎秆上能找到虫孔，剖开茎秆可见内有虫道、虫粪及灰白色幼虫。若蛀入茎秆的幼虫多或虫龄大，则数天内茎秆由上至下黄化枯死，呈桔黄色，但不像病害那样有病斑或青枯。茎秆转黄枯死后，幼虫转移危害。