1、严格执行空栏消毒流程。球虫的卵囊存在潮湿产床上可存活数月，肉眼看不见摸不着，新生仔猪自身就没什么抵抗力，如果空栏消毒不彻底很容易感染此病。
2、严格执行“全进全出”制度，对没有价值的仔猪及时淘汰，对弱仔猪进行销售，不建议弱仔猪留养，避免引起其它仔猪交叉感染
3、控制好栏舍内的湿度，保持栏舍干燥。这不但对球虫控制有利，同时也有利于细菌性疾病的控制。
4、对母猪坚持做好驱虫工作，同时对驱虫后的粪便要堆积发酵处理，能有效降低寄生虫对母猪及仔猪的影响。
5、搞好栏舍卫生，及时清理母猪粪便，减少仔猪接触母猪粪便的机会；做好灭蝇、灭鼠工作，减少蝇鼠传播。
6、让仔猪及时吃到初乳，提高对疾病的抵抗力。可在仔猪3-5日龄按每千克体重20mg灌服百球清一次
7、发现病猪应尽早隔离，清扫工具应分开使用，接触猪只顺序应先健康后感染最后病重猪，每次接触猪只后及时消毒，避免交叉感染
8、加强补液，对腹泻厉害的仔猪进行腹腔补液，避免脱水而造成死亡，对感染仔猪应及时灌服百球清，配合使用磺胺类药物治疗
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