大葱在育苗期间，最容易发生猝倒病，这与土壤、种子以及管理水平有直接关系。首先，苗床应选择3年内未种过葱蒜类的土质育苗，疏松肥沃、地势平坦、排灌方便的沙壤土最好。大葱生长适宜的pH值为7.0~7.4，当土壤pH在5以下，不利于大葱苗期生长。
种子消毒是防治苗床病害的有效手段，可用0.2%高锰酸钾溶液浸种25分钟，再用清水冲净，可杀死种子表面的病原菌；也可用干净的纱布把种子包好，放在50℃的温水中浸泡30分钟。浸泡时要不断摇动，使种子受热均匀。浸泡结束后，随即用清水洗一遍，再放在20~30℃的水中泡2小时，捞出后即可播种。
阴天或雨天容易发生霜霉病或疫病，主要表现症状是干尖黄叶，为防病害发生，可直接用美国普利登液体有机肥喷淋苗床和喷施葱苗，5天一次，连喷2~3次。对发病较重的，用美国普利登液体有机肥200倍液+72.2%霜霉威（72.2%普力克）水剂600倍液或恶霉灵800倍液喷淋根部，连续使用2~3次，可控制病情。
大葱苗期要注意的病害和防治办法。
一、防止在重茬地块育苗
选择3年内未种过葱蒜类蔬菜的地块育苗，土壤以疏松肥沃、地势平坦、排灌方便的沙壤土最好。葱苗生长的适宜pH值7～7.4，在发病较重的地块笔者用测土仪检测，发现土壤普遍呈酸性，有的甚至呈强酸性，pH值在5以下。
二、配制营养土
营养土配制，要求选用3年内未种过葱蒜的菜园土2份加1份充分腐熟的有机肥，捣细拌匀。播种前5～7天整地作畦。一般80平方米的畦中施有机肥20公斤、复合肥6～8公斤，均匀地撒在畦面上，与土壤充分掺匀。为防地下害虫危害，应用辛硫磷乳油100克，加5倍水，拌麸皮1.5公斤，均匀地撒在畦面上，浅锄一遍，再用耙子耙平，紧接着用脚踏一遍，以防灌水后凹凸不平，覆土不匀而影响出苗，最后浇水播种。
三、种子消毒
可用0.2%高锰酸钾溶液浸种25分钟，再用清水冲净，可杀死种子表面的病原菌;也可用干净的纱布把种子包好，放在50℃的温水中浸泡30分钟。浸泡时要不断摇动，使种子受热均匀。浸泡结束，随即用清水洗一遍，再放在20℃～30℃的水中泡2小时，捞出后即可播种。经浸泡后的种子可提前1～2天出苗。
四、化学防治
葱田病害主要有猝倒病、立枯病、疫病和霜霉病。
1.猝倒病。初发病时，葱苗茎基部出现水浸状暗斑，绕茎扩展，以后变成黄褐色，干枯呈线状，猝倒贴伏于地表。
2.立枯病。在葱苗茎基部出现椭圆形或不规则形暗褐色病斑，逐渐向里凹陷，边缘较明显，扩展后绕茎一周，使苗茎部萎缩干枯，以后幼苗死亡，但不折倒。
3.疫病。主要危害叶片，从叶尖开始发病，呈白斑，湿度大时病部长白霉，严重时易倒苗。
4.霜霉病。叶片病斑为椭圆形或长椭圆形，边缘不明显，淡黄绿色或黄白色，有灰霉，后期干枯。
防治方法：苗床提前拌药处理，每100平方米苗床用多宁200克，均匀拌土撒施，预防苗床带菌而发病。发现苗期猝倒病、立枯病，可用72.2%霜霉威水剂600倍液或恶霉灵800倍液喷淋根部;对疫病和霜霉病，可喷施安克或百泰各600倍液+4000倍液硕丰481，7天喷1次，连喷2～3次。
苗期要做到勤观察、早发现、早防治，保证苗全、苗齐、苗壮。苗期病害有猝倒病、立枯病、疫病和霜霉病，发现立枯病和猝倒病在发病初期可用50%多菌灵可湿性粉剂1500～2000倍液或72.2%霜霉威水剂600倍液或恶霉灵800倍液喷淋根部。大葱疫病和霜霉病是由真菌引发的病害，可喷施69%安克—锰锌可湿性粉剂800倍液或百泰600倍液＋4000倍液硕丰481，7天喷1次，连喷2～3次。害虫可用辛硫磷、乐果、敌百虫等农药消灭葱蛆、葱蓟马、金针虫和蝼蛄等。