由于设施条件下空气相对湿度较高，黄瓜易发生病虫害，菜农应采用综合措施防治。
1.农业防治
⑴选用抗耐病品种。抗枯萎病的黄瓜品种有津优30号、津优10号，抗病毒病的品种有宁丰4号、中农6号、中农14号等，抗霜霉病的品种有宁丰4号、津优10号等，抗白粉病的品种有津优10号、津优30号等。根据当地病害发生情况选用适宜品种。
（2）种子处理。温汤浸种，用55℃温水浸种15分钟或用50℃温水浸种20～30分钟，或者用药剂拌种和种子包衣等方法处理种子。
⑶培育壮苗。清除田间枯枝残叶和杂草，采用营养钵育苗，营养土用无病土并闷膜杀虫、杀菌。施用腐熟有机肥，加强苗床管理。选用无病虫壮苗定植。
⑷深耕晒垡。深耕晒垡可以将地下害虫和病原菌翻到地表，受到天敌啄食或严寒冻死，降低病虫基数，同时可以使土壤疏松，有利于瓜苗根系发育，提高植株抗逆性。
⑸科学施肥。以有机肥为主，适施化肥，增施磷钾肥和各种微肥。施足底肥，勤施追肥，结合喷施叶面肥。
⑹嫁接防病。用黑子南瓜苗作砧木嫁接黄瓜苗，控制枯萎病发生。
2.物理防治
⑴灯光诱杀。用白炽灯、高压汞灯、黑光灯、频振式杀虫灯等诱杀害虫。
⑵色板、色膜驱避和诱杀害虫。利用蚜虫、白粉虱、斑潜蝇等对黄色的趋性，在田间悬挂黄色捕虫板黏住蚜虫、白粉虱、斑潜蝇等。
⑶太阳能土壤消毒。在夏季高温休闲季节，通过长时间覆盖塑料薄膜来提高土壤温度，以杀死土壤中的害虫和病菌。秋延后大棚黄瓜栽培也适宜采用此法。
⑷合理调控温湿度。合理调控棚室内的温湿度，有利于黄瓜生长，提高植株抗病能力。采用覆盖无滴膜、铺地膜、铺稻草、膜下灌水等措施降低棚室内湿度，控制病害发生。采用高温闷棚措施，可以预防黄瓜霜霉病
病虫基数控制 播前采用种子处理、苗床土壤处理，减少种子、土壤带菌，减少苗期土传病害的发生；休闲期利用太阳能高温闷棚7～15天，用石灰氮、噻唑磷等药及生物菌肥处理土壤。定植前用药熏棚或喷洒墙壁、棚膜、缓冲间1～2次，杀灭棚内病菌，降低病虫基数。
应用免疫诱导产品 在黄瓜各生育阶段分别使用氨基寡糖素、碧护0.136%赤·吲乙·芸薹可湿性粉剂等免疫诱导产品，也可以引进一些新的诱抗剂如几丁聚糖、S-诱抗素、甲壳素等，促进缓苗，提高植物免疫力，优化生长势。
诱杀、阻隔害虫 一是色板诱虫。利用黄板诱杀设施内的蚜虫、粉虱、斑潜蝇，蓝板诱杀蓟马。每亩悬挂诱虫板40张，全生育期更换4～5次。二是使用防虫网。在棚室入口和通风口设置30～40目的防虫网，阻隔外来迁入害虫。覆盖防虫网之前用异丙威烟剂熏棚消毒。
生态调控 采用无滴膜覆盖，推广膜下沟灌、滴灌技术，棚室及时通风排湿，采用精量弥粉机或热力烟雾机施药，降低棚室空气湿度，减轻发病。避免入水漫灌。
精准施药 根据病虫发生程度，在必须用药防治时，优先选用高效低毒、剂型先进的农药品种，推广新型生物农药。如在苗期，可选用嘧菌酯、噁霉灵、霜霉威盐酸盐等药喷施，预防猝倒病、立枯病、霜霉病、白粉病等苗期病害。定植以后，发病前可选用代森锰锌、氢氧化铜、百菌清等广谱性杀菌剂喷施，预防霜霉病、灰霉病、白粉病、细菌性角斑病；选用枯草芽孢杆菌预防灰霉病、白粉病；选用哈茨木霉菌防治灰霉病。发病后，可选用烯酰吗啉、氟吗啉、氟菌·霜霉威、氟噻唑吡乙酮、丙森·缬霉威、霜脲·锰锌等药防治霜霉病；选用苯醚甲环唑、氟硅唑、肟菌·戊唑醇、氟菌·肟菌酯、唑醚·氟酰胺、吡萘·嘧菌酯等药防治白粉病、靶斑病、黑星病、炭疽病；选用氟菌·肟菌酯、唑醚·氟酰胺、吡萘·嘧菌酯。
药剂防治注意事项 保护性杀菌剂只能在发病前喷施，发病后要选用内吸性杀菌剂及其混配剂。黄瓜霜霉病、靶斑病和细菌性角斑病易混发，可选用有效药桶混使用，多靶标防治。由于抗药性普遍发生及交互抗性，慎用嘧菌酯、吡唑醚菌酯、啶氧菌酯、甲霜灵、噁霜灵等药及其混配剂防治黄瓜霜霉病，慎用嘧菌酯、醚菌酯、吡唑醚菌酯、啶氧菌酯防治白粉病，慎用甲硫·乙霉威、乙霉·多菌灵、嘧霉胺等药防治灰霉病。另外，要注意不能将枯草芽孢杆菌与抗生素及其他杀细菌剂混用；不能将哈茨木霉菌制剂与多菌灵、甲基硫菌灵、嘧菌酯、百菌清等广谱性杀菌剂混用。
合理使用农药助剂 使用有机硅等农药助剂有利于药物的分散，促进药效发挥或延长药效，也有利于病虫接触或吸收农药有效成分等，从而提高防治效果。
应用高效施药技术 选用高效施药器械，日光温室及大棚推广精量弥粉机、热力烟雾机和静电喷雾技术。目前适合精量弥粉机施用的药有烯酰吗啉（防治霜霉病）、枯草芽孢杆菌（防治灰霉病）、荧光假单胞杆菌（防治细菌性角斑病和细菌性流胶病），可以明显减少施药量，提高效率，降低农药残留。
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