采挖分春、秋两季进行，最好于休眠期采挖，一般10月底至翌年4月初。收获时轻挖轻放，取出色黑质硬的菌核作商品。
猪苓多年生习性，一两年内产量不高，栽培三四年才是繁殖旺盛时期。收获中要注意表面土层中的菌核。全年都可以采收，以夏秋季采收为好。色黑质硬的称为老核，这就是商品猪苓，也就是第一代第二代猪苓。色泽鲜嫩的灰褐色或黄色猪苓，一般核体松软，可作种核。
在收获时要去老留幼，将已收获的猪苓菌核去杂刷洗，弄得干干净净，然后在日光下自然晾晒，干后即可装运销售。用麻袋或竹箩装，放干燥处保存。
猪苓外皮乌黑光泽，体重，坚实，断面洁白或黄色者为佳。