微生物菌肥优点多，不仅能改良土壤结构、培肥地力，还具有增强抗逆，改善作物品质等功效。使用范围广泛，如果树蔬菜、大田作物、经济作物、药材等都能用菌肥。那么该如何使用呢？中国农业技术网为您具体介绍以下几种：
1、拌种播种：用适量水将玉米、大豆、花生等大粒种子淋湿，每亩种子用菌肥0.5～1公斤(压碎）拌匀，阴干或风干后播种。
2、拌肥多用：亩用金宝贝菌肥1～2公斤与化肥、复合肥、有机肥或腐熟农家肥混匀后作底肥、追肥，可撒施、沟施或穴施。
3、沾根灌根：每亩用菌肥1～2公斤，压碎并兑水5～8倍，沾根或兑水200-400倍直接灌于根部。注意沾根时勿将附着在根系上的泥土洗掉。
4、混苗床土：每平方米苗床用金宝贝菌肥（压碎）300-500克，与苗床土混匀后播种。
5、单施：已施过化肥、腐熟有机肥的土壤，可再单独用菌肥2公斤左右，沟施、穴施、灌根或冲施。
6、喷施：将金宝贝菌肥溶于适量水中，取其上清液，过滤，充分兑水喷施即可，滤渣可再施于植物根部。
7、冲施：每亩用菌肥1～2公斤与化肥混合，用适量水稀释后，随水冲施。
8、果树施肥：每亩用2～4公斤与其他肥料混匀，穴施、环状沟施或放射状沟施均可。
9、花卉施肥：每公斤盆土可用本品10～15克作追肥或底肥。
目前，微生物菌肥凭其独特的优势备受人们关注，已有越来越多的农民在使用微生物菌肥。这种菌肥使用方法简单，而且效果显著！
1、育苗：采用盘式或床式育秧时，可将生物菌肥拌入育秧途中堆置三天，再装入育苗盘和育苗钉。营养钵育苗时，先将生物菌肥均匀拌入育苗土中，再装入营养钵育苗时。因育苗多在温室或塑料棚中进行，温湿度条件比较好，易于微生物繁殖生长，用量可比田间基肥的小一些。
2、基肥（底肥）：生物菌肥用量少，单施不易施匀，覆土之前易受阳光照射影响效果，有风天又会发生被风吹跑的问题。因此，用作基肥时在施用有机肥条件下，应将金宝贝微生物菌肥与有机肥按1：500—1.5：500的比例混匀，用水喷湿后遮盖，堆腐3-5天，中间翻到一次后施用。施用时要均匀施于垄沟内，然后起垄；如不施用有机肥，以1千克生物肥拌30-50千克稍湿润的细土，均匀施于垄沟内，然后即起垄覆土，注意与化肥隔开使用。在水田或旱田也可以均匀撒施于地表，然后立即耙入土中，不能长时间暴露在阳光下暴晒。
3、口肥：在施用有机肥或化肥做基肥的基础上，用生物菌肥做种肥，或掩播作物做种肥使用，刨掩后将拌有细土的生物菌肥施于掩中，再点种。
4、拌种：先将种子表面用水或用豆浆、红糖水喷湿润，然后将种子放入菌肥中搅拌，使种子表面均匀沾满菌肥后，在阴凉通风处稍阴干即可播种。拌种后不要放置在阳光下暴晒，也不要放置时间过长。拌种用菌肥量与种子大小有关，烟草等小粒种子，每千克种子50-100克即可，大粒种子需要量就多一些，拌有金宝贝菌肥的种子播种后也要立即覆土，防止阳光中紫外线杀伤菌肥中的微生物。
5、喷施：也是一种用于追肥的施用方法。将生物菌肥先用少量水浸泡4-6小时，然后再加水进行搅拌，搅拌后用较细目布或尼龙纱网布过滤，将虑清液喷施在作物叶背面和果实上。整个生育期中，根据作物生长情况结合作物营养临界期和最大效应期喷施2-3次。喷施时最好在傍晚或无雨的阴天。喷施追肥的方法适用于蔬菜和密播作物。喷施有明显增产效果，但效果一般要低于土壤施用效果。以土壤施用与喷施相结合效果最好。