1、高温闷棚+药物土壤处理：利用夏季高温天气条件，先施入经过充分腐熟的农家肥和复合肥（有条件的可以使用熏蒸性杀线虫剂），浇透水，盖膜，关闭大棚风口，持续半月以上，再揭膜，放风，旋耕，施入少量种肥和生物菌肥，做畦。2014年8月大兴菜农关师傅，先给土壤灌大水并保持了一周积水时间，对后来直播的芹菜根结线虫防效较明显；
2、农家肥腐熟不能忽视：尽量不用或少用鸡粪。猪牛羊粪或人粪尿+秸秆+适量氮肥+生物菌剂+水混合或分层成堆，待堆内温度达到60时每两天倒翻一次，维持该温度1~2周，倒翻2~3次，逐渐使堆内温度降到40左右，堆成堆盖上薄膜，待堆料无臭味、疏松并有白色丝状物的时候，腐熟完成；
3、优先考虑用商品型生物有机肥替代农家肥：农家肥虽然成本低，但耗费人力和场地，腐熟技术要求较高。因此，最好使用品牌知名度好的生物有机肥；比如以色列卡希诺微生物菌肥。
4、撒施杀线虫剂注意其均匀性分布：无论是阿维菌素、还是噻唑膦，进行药剂处理土壤撒施的时候，一定要考虑到能否均匀分布于耕层。建议旋耕前撒施一遍，做畦前再撒施一遍，棚的两端和进水口适当增加撒施量。也可以旋耕前全田撒施阿维菌素颗粒剂，定植时穴施噻唑膦颗粒剂；
5、使用杀菌剂处理土壤要有针对性：2013年8月，在北京大兴关师傅的芹菜播种的时候，分别用咯菌腈+精甲霜灵、恶霉·甲霜灵、多·福·溴菌腈，以及后两种配方的混合药剂，进行土壤处理，结果表明，恶霉·甲霜灵+多·福·溴菌腈药液播后均匀喷洒地表的效果最好，单用咯菌腈+精甲霜灵进行种子处理效果不明显。提取土壤样本室内检测发现，土壤中腐霉菌和疫霉菌菌原数量占比例大。该试验说明两点，一是要根据土壤病原菌类群选择合适的杀菌剂，二是根据蔬菜和病害危害特点选择合适的处理方法。芹菜种植非常微小，用杀菌剂进行种子包衣处理，沾附在种子表面上的药剂太少，很难保证较长时间内消灭或阻止栖息于土壤中病原菌侵入种苗。