无公害苦瓜是指苦瓜产品中有害物质（如农药残留、重金属、亚硝酸盐等）的含量，控制在国家规定的允许范围内，食用后对人体健康不造成危害的苦瓜。
绿色苦瓜是指遵循可持续发展的原则，在产地生态环境良好的前提下，按照特定的质量标准体系生产，并经专门机构认定，允许使用绿色食品标志的、无污染的、安全优质苦瓜。绿色苦瓜分为A级和AA级两种。其中A级绿色苦瓜生产中允许限量使用化学合成生产资料；AA级绿色苦瓜则较为严格地要求在生产过程中不使用化学合成的肥料、农药和其他有害于环境和健康的物质。
有机苦瓜是指在整个生产过程中，必须严格遵循有机食品的生产技术标准，即生产过程中完全不使用农药、化肥、植物生长调节剂等化学物质，不使用转基因工程技术，同时还必须经过独立的有机食品认证机构全过程的质量控制和审查的苦瓜产品。
三者之间的区别是：无公害苦瓜是对苦瓜产品的基本要求，普通商品苦瓜都应达到这一要求；绿色苦瓜是从无公害向有机食品发展的一种过渡性产品。有机苦瓜是产品的最高级别，在生产、加工和销售全过程中，实行严格的质量控制和审查，以确保苦瓜产品达到无污染、富营养和高质量的标准。