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小麦全蚀病的病菌主要来源于残存在土壤里的带菌根茬以及混杂有病根、病茎、病叶鞘等残体的粪肥、种子三种途径。
小麦全蚀病是小麦上的国内检疫对象之一，主要通过夹杂在小麦种子中的全蚀病病残体传播蔓延。
可以通过种子传播
禁止从病区引种，防止病害蔓延
对怀疑带病种子用51—54℃温水浸种10分钟或用有效成分0.15托布津药液浸种10分钟。病区要严格控制种子外调，新的轻病区及时采取扑灭性措施，消灭发病中心，对地块实行三年以上的禁种。水旱轮作，病菌易失去生活力。粪肥必须高温发酵后施用。要多施基肥，发挥有机肥的防病作用。选用农艺性状好的耐病良种。
可以通过种子传播