在秸秆还田中要注意做好“两补一防”：
1、要补充养分。一般的禾本科作物秸杆的碳氮比大约为80-100:1，而土壤微生物分解有机物需要的碳氮比为25-30:1，如不增施氮肥，微生物分解秸秆必然会与作物争夺土壤中的氮素与水分，影响作物正常生长。所以，当季秸秆还田的地块除了在还田的同时补施养分外，在作物生长期的施肥量也适当增加，配施一些磷肥则效果更好。
2、要补充水分。土壤墒情好，水分充足是保证微生物分解秸秆的重要条件。施行秸秆还田的地块，尤其是底墒不足，要补水，为微生物活动创造一个合适的环境条件，以利于秸杆腐解，同时还可以减少秸秆分解过程中产生的有害物质（有机酸）和有毒气体。
3、要搞好病虫害防治。由于作物秸秆所带的病菌很容易通过土壤传播（如玉米大、小斑病、黑穗病；小麦赤霉病；油菜的菌核病等）。所以，在作物生长期间还要注意防治病虫害，以确保农作物优质丰产。