块茎开始形成时,土壤干旱或忽干忽湿易导致疮痂病菌的侵然影响马铃薯商品品质。在块茎形成阶段,即使短期的干旱都会影响马铃薯块茎的产量,甚至产生畸形块茎。干旱还能造成块茎的生理缺陷,如块茎内的褐斑,特别是生育后期,茎叶枯落,土壤暴露在阳光之下更为严重,大西洋品种对干旱敏感,块茎内时有褐斑产生,降低了加工品质。当马铃薯成熟至收获期间,对水分的吸收虽然很少,但是土壤应保持潮湿,有利于块茎薯皮的木栓化;如土壤过度干旱,产生裂缝,或形成坷拉,既不利于收获,还易损伤块茎。由于大雨或排水不良,可造成土壤中水分过多,导致植株地下部分缺氧,影响根系发育,甚至根部腐烂,进而叶片黄花、脱落植株早衰或枯死。严重影响产量,土壤水分过多时新生块茎缺氧,皮孔细胞暴露,易感染细菌,造成烂薯。收获的块茎也不耐储藏,高湿度还易发生晚疫病,使植株块茎感病,如再感染杂菌,在运输和储藏过程中会引起块茎的大量腐烂。土壤湿度变化频繁也影响块茎品质。长期干旱后降雨,可造成块茎的二次生长,块茎两端粗,中间细的匍匐茎上形成子块茎,或者在第一次形成的幼嫩块茎的芽上再形成块茎收获时,干旱可能产生明显的两种块茎类型,早结的块茎,薯皮较老,块茎中的淀粉转化成糖并将其转运到后结的块茎中,薯肉变成玻璃质。后结的块茎,具有新而薄的薯皮。
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