西瓜枯萎病为真菌病害。病菌主要以菌丝、厚垣孢子或菌核在未腐熟的有机肥或土壤中越冬， 成为翌年主要侵染源，该菌在土壤中可存活6年。采种时可粘于种子上，致商品种子带菌率高，播种带病种子，发芽后病菌即侵入幼苗，成为次要侵染源。
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