1、搞好苗床消毒。在高温季节晴天密闭棚室，育苗床或育苗温室土壤覆盖塑料膜，利用太阳能高温闷杀进行土壤消毒，使床土在50℃左右的条件下处理10分钟，可杀灭土壤中大部分致病病菌，大大降低发病率；对发病重的地块或苗床可用多菌灵、敌克松或甲基托布津等，药和土按1∶10的比例配成药土，播种或定植前用药土进行土壤消毒处理，也可用绿亨1号(土菌消、恶霉灵)等药物进行床土处理。
2、加强管理，提高抗性。定植前测土配方施肥，增施有机肥。定植后，前期适当控制浇水，以提高地温，促进根系发育。结瓜后适当增加浇水次数并及时追肥，防止脱肥造成植株早衰。注意通风降湿。
3、选用抗病砧木品种。如河北省农林科学院经济作物研究所与唐山恒丰种业共同选育的绿洲天使、神根等黄籽南瓜砧木新品种。
4、用药防治。发病初期用50%苯菌灵可湿性粉剂1500倍液、10%苯醚甲环唑水分散粒剂1500倍液灌根，每棵灌药液250毫升
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