引起辣椒苗心叶皱缩的原因主要有病毒病、螨类为害和药害三个方面：
一、花叶病毒引起的心叶皱缩主要有两类，一是轻型花叶病毒，二是重型花叶病毒。轻型花叶病毒表现为叶片明脉轻微褪绿，或有浓淡相间的斑驳，但病株没有明显的畸形或者矮化，不落叶。重型花叶病毒的病叶出现黄绿斑驳，叶片凸凹不平，叶脉皱缩，造成心叶皱缩。
二、螨类为害引起的心叶皱缩，主要表现是嫩叶、嫩茎及叶片背面呈灰褐色或黄褐色，且具有油质光泽，或呈油状，叶片边缘向下卷曲。螨类是病毒病的主要传播介体，要尽早加强防治。
三、药害引起的心叶皱缩，一是激素中毒，二是农药浓度过大引起中毒。主要表现是生长点附近的心叶叶脉翻转扭曲，叶面厚实僵硬，叶色较深，叶缘上卷。严重的会导致全株发生，心叶尤重。
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