与杂种优势相反的过程是所谓的近交衰退现象。由于近交衰退,杂种二代与一代相比较,生长势、生活力、抗逆性和产量等都显着下降。通常,二代种如用于生产,长出的植株会极不整齐,在遗传上表现分离现象,导致严重减产。一代杂交优势越大,其后代减产会越显着。部分农民群众看到一代杂交种种子长出的玉米生长整齐一致、穗大粒多高产,误认为可下季再种,就秋后自己留种第二年再种,结果会造成巨大损失。杂种二代的产量比一代减产50%以上。
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